Concernant le fonds préfectoral, deux précisions sont à signaler. D'une part, les archives touchant les distinctions honorifiques, classées à l'origine dans cette sous série, ont été distraites en vue de leur intégration dans la sous-série 1 M (cabinet du préfet), conformément à la circulaire AD 98-8. D'autre part, on notera aux cotes 3 R 66-78, la présence de jugements déclaratifs de décès prononcés par les tribunaux civils du département à l'issue de la Première Guerre mondiale. Ces pièces, retrouvées lors du classement du versement 1900 W (archives du recrutement des classes 1945-1972) durant l'été 2015, se trouvaient alors isolées et ne pouvaient physiquement rejoindre la série U, classée en 2007. Il a été décidé de rattacher ces jugements à la sous-série 3 R, même si une partie de la collection a déjà été cotée dans la sous-série 3 U. Des renvois ont été effectués dans les deux instruments de recherche concernés afin d'alerter les chercheurs.
Le fonds du service départemental de l'ONAC provient pour l'essentiel d'un versement effectué aux Archives départementales de l'Ain, le 1er octobre 1991. Environ 70 000 dossiers nominatifs, dont la fin de la durée d'utilité administrative a été fixée à 1990, et un fichier alphabétique de 10 mètres linéaires sont ainsi venus compléter cette sous-série. Un autre versement, plus modeste (0,35 ml), d'abord intégré à la sous-série 3 R puis versé dans la sous-série 1585 W, a retrouvé sa place d'origine dans le courant de l'année 2015.
Il a été procédé à la distraction de sept articles de la sous-série 34 T en vue de leur intégration parmi les archives de l'ONAC. La sous-série 34 T, qui n'apparaît plus dans la circulaire AD 98-8, a été instituée pour conserver les archives de l'office départemental des pupilles de la Nation. Ceci se justifiait par le fait que l'établissement était à l'origine rattaché au ministère de l'Instruction publique. Or, en raison de la fusion des offices mentionnée plus haut, il a semblé plus cohérent et plus respectueux en matière de production de rassembler ces archives en un seul ensemble.
Sur les dossiers nominatifs de l'ONAC, il semble utile de signaler un choix de conservation s'éloignant un peu des dispositions réglementaires. En effet, l'instruction du 31 décembre 2008 préconise de détruire l'ensemble de ces dossiers à l'issue d'une durée d'utilité administrative de 90 ans. Cette décision est justifiée par le fait que les informations comprises dans les dossiers de l'ONAC figurent intégralement dans les registres matricules du recrutement. Or, il a été décidé ici de conserver ces documents pour une finalité historique car, même si les préconisations officielles se vérifient dans une grande majorité de cas, il reste d'autres cas où les archives de l'ONAC peuvent compléter, voire remplacer les archives du recrutement. Les travaux de sondage et les demandes de recherche par correspondance montrent que les informations issues des archives du recrutement et celles de l'ONAC peuvent s'avérer complémentaires, ou même, plus rarement, contradictoires (notamment sur le numéro et le type des unités). Les archives de l'ONAC, au moins pour l'Ain, conservent aussi la trace d'un nombre non-négligeable de personnes n'ayant pas été recrutées dans le département et par conséquent, n'apparaissant pas dans la collection des registres matricules. Dans ce cas, les informations contenues dans ces dossiers permettent de s'orienter vers le centre d'archives susceptible de détenir le feuillet matricule. En outre, ces dossiers constituent une source essentielle sur le recrutement et le suivi militaire des immigrés, dans un département qui a reçu plusieurs régiments coloniaux en garnison et que sa situation frontalière a amené à connaitre plusieurs vagues d'immigration ; leur intérêt est renforcé par les très importantes lacunes du fonds d'archives préfectorales sur le contrôle du séjour des étrangers entre 1800 et 1940. Enfin, les dossiers nominatifs touchant l'attribution ou le rejet de la carte de combattant conservent parfois des documents qui peuvent revêtir un caractère plus personnel, susceptible d'être apprécié par le chercheur et, ici encore, n'apparaissant pas sur un feuillet matricule (photographie d'identité, lettre manuscrite, signature, lettres de réclamation faisant état de faits de guerre ou de situations personnelles particulières, lettre de recommandation par divers appuis locaux…). Au vu de l'intérêt historique de ces documents et des demandes de communication auprès du public, il a semblé utile de créer un outil fiable permettant d'améliorer les recherches. Ainsi, dans le courant des années 2000, Jérôme Croyet à commencé la saisie du fichier versé en 1991 et le conditionnement des sous-dossiers. Il a été secondé durant plusieurs années par du personnel vacataire, employé durant les congés d'été. Enfin, les dossiers rejetés (3 R 462-523) ainsi que des cartes d'invalidité (3 R 116-155), ont fait l'objet d'un travail de saisie et de conditionnement durant l'année 2015.